El hecho que sin lugar a dudas más ha marcado la historia medieval de Alboraya es el Milagro dels Peixets, sucedido en el año 1348. Cuenta la tradición que el sacerdote de Alboraya llevaba la Comunión a un musulmán converso de Almàssera y al cruzar el Carraixet, las formas le cayeron a las aguas, siendo recuperadas por el sacerdote en la desembocadura del barranco de boca de unos peces. Tres según la versión de Alboraya, dos según la de Almàssera, y por eso el número de peces varía según la procedencia del autor de la representación.

El Milagro es un acontecimiento que ha perdurado en el tiempo y en la memoria de los dos pueblos. Se puede decir que es el hecho que más líneas ha ocupado en la historia de los dos pueblos. Las crónicas posteriores de Jaime Bleda, Gaspar Escolano, Marcos Antonio de Orellana, Josep Mariano Ortiz... hasta los cronistas y estudiosos del siglo XX (Martínez Aloy, Listar...) siempre nos hablan de este hecho, aunque lo modifican o lo distorsionan. Como testigo de él, hoy se alza la Ermita dels Peixets, construida en 1907, en el lugar donde los peces dieron las formas al sacerdote. Hoy encontramos, igualmente, una numerosa producción literaria vinculada al estudio y la investigación del Milagro. También hay que destacar que fue a partir del Milagro dels Peixets cuando Almàssera comenzó a pedir autonomía eclesiástica con respecto a Alboraya, siendo concedida inicialmente en tiempos del obispo Hug de Fenollet y quedando constituida Almàssera como una vicaría perpetua a partir de 1376. Algunos investigadores han interpretado este hecho como el principio de la historia como municipio de Almàssera. Una sentencia posterior de 1645 confirma este hecho. Los casi 300 años transcurridos entre las dos fechas (Climent) causaron una indefinición en los límites del territorio que administrar por cada una de las dos entidades. Este hecho y no el número de peces podría ser una explicación a las relaciones no demasiado cordiales entre las dos comunidades durante mucho tiempo.